Trần Cao Vân là một trong những người cầm đầu âm mưu khởi nghĩa tại Trung Việt, do Việt Nam Quang Phục Hội chủ xướng. Ông sinh năm Bính Dần (1866) tại làng Tư Phú, tổng Đa Hòa, phủ Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam. Làng Tư Phú là một trong mười một làng thuộc khu đất “Gò Nổi”, một khu đất sản xuất ra nhiều bậc anh tài của xứ sở như Phạm Phú Thứ, Hoàng diệu v.v.. Ông là con cụ Trần Trung Trực, thường gọi là cụ Quyền Trực, một người được sự mến chuộng của dân làng Tư Phú và cụ bà Đoàn Thị.
Trần Cao Vân tên thật là Trần Công Thọ, lúc lớn lên từng học và đi thi lấy tên là Trần Cao Đệ, lúc vào chùa lấy pháp danh là Như Ý, khi ra hoạt động cách mạng đổi tên là Trần Cao Vân, biệt hiệu là Hồng Việt và Chánh Minh, còn có biệt danh là Bạch Sĩ. Theo những người đồng thời kể lại: Trần Cao Vân có vóc dáng trung trung, mặt vuông, trán cao, đôi mắt sâu và sáng, năm chòm râu dài tha thướt trông thật uy dũng.
Thường nhật ông có tánh bình dị, không chuộng sự xa hoa.